Название реки Кокши происходит от словосочетания на алтайском наречии «голубая вода» (кок су). Несмотря на то, что речушка простилается на небольшую длину по алтайским меркам (всего 30 км), она очень красива, а в ее устье водится много живности.
По устью реки проходит граница заповедника, также в нем построен пункт метеорологических наблюдений. Река впадает в Телецкое озеро сразу двумя протоками. Несмотря на спокойствие этих вод в летнее время, в сезон половодья она превращается в строптивую и бурную стремнину, наваливая много бурелома по берегам.
Именно у самого устья реки расположено начало древней охотничьей тропы, которой пользовались промысловики на протяжении сотен лет, уходя в длительные походы к высокогорному озеру Караколь. Там и по сей день водится масса дичи, которая мигрирует между горными хребтами Саяны. Хоть горы и отличаются крутизной склонов, здесь большое множество парнокопытных животных, спокойно перемещающихся по скользким и острым камням.
Первое, на что обращаешь внимание, попадая сюда – это чистый и свежий воздух, которым так и хочется наполнить свою грудь. Зимой здесь выпадает мало снега, некоторые ущелья до середины зимы остаются непокрытыми льдом и снежными переметами. Южнее реки Кокша возвышается массивная горная гряда, которая из-за своего величия создает иллюзию близкого расположения. На самом же деле до нее от 5 до 20 км.